使用Gmsh对现有的网格进行加密，导出后发现只有边界面上的单元，体单元全部未导出。使用gmsh -h查看使用帮助，发现加上–saveall能导出所有的单元。于是加上–saveall参数，体单元如愿都输出到网格文件中了。
但是–saveall选项有一个坑。Gmsh的帮助中是这样描述–saveall选项的： Save all elements (discard physical group definitions)。无论是GUI界面操作，还是CLI命令行，都会看到备注的 “discard physical group definitions”。为什么说这是一个坑呢？假如你已经有一个.msh文件，边界的物理标记都已经设置好。通过Gmsh加密后，想要保存所有单元，就必须使用–saveall选项，那么网格中的边界标记都被丢弃了。没有边界标记的网格放到CFD程序里，是无法计算的。所以有人也很有疑惑，参见这个帖子。
出现这个问题，是用户对Gmsh中的”physical entities”理解不够造成的。Gmsh的官方文档中，这句话很好解释了上述现象的原因：”if physical entities are defined, the output mesh only contains those elements that belong to physical entities”。 原网格文件中的体单元没有标记，所以加密后不会被输出到网格文件中；如果使用–saveall强制导出，Gmsh只好把边界的物理标记也一并丢弃。
一个可行的解决方案是：在用Gmsh处理前做一个预处理，给体单元分配一个特殊的物理标记，网格加密输出到文件后再还原标记。这样既让Gmsh能识别各个物理单元组，也避免使用–saveall参数而丢弃标记信息。
具体操作如下：找到原网格文件中的体单元标记，例如对于 “4 2 0 0″这样一组标记（一个典型的四面体），使用sed批量修改物理标记为9:
sed -i 's/4 2 0 0/4 2 9 9/g' input.msh
接下来用Gmsh输出加密网格并还原物理标记：
gmsh -refine -o refine.msh -format msh input.msh sed -i 's/4 2 9 9 /4 2 0 0/g' refine.msh
通过上述的预处理后后处理动作，refine.msh文件中的网格标记就和input.msh中一样了。
参考
- http://gmsh.info/doc/texinfo/gmsh.html